目前，股權轉讓繳納印花稅主要分兩種情況：

1.一般企業之間股權轉讓繳納印花稅適用稅率為萬分之五。根據《印花稅暫行條例》及施行細則的規定，產權轉移書據，是指單位和個人產權的買賣、繼承、贈與、交換、分割等所立的書據。《國家稅務局關于印花稅若干具體問題的解釋和規定的通知》(國稅發〔1991〕155號)規定，財產所有權轉移書據的征稅范圍是：經政府管理機關登記注冊的動產，不動產的所有權轉移所立的書據，以及企業股權轉讓所立的書據。適用稅率按所載金額萬分之五貼花，同時《印花稅暫行條例施行細則》第十六條規定，產權轉移書據由立據人貼花，如未貼或者少貼印花，書據的持有人應負責補貼印花所立書據以合同方式簽訂的，應由持有書據的各方分別按全額貼花。

2.上市公司股權轉讓繳納印花稅時適用3‰的稅率。這里的上市公司是指在上海證券交易所、深圳證券交易所掛牌交易的上市公司。 根據財稅[2005]11號文件規定，買賣、繼承、贈與所書立的A股、B股股權轉讓書據，由立據雙方當事人分別按1‰的稅率，按照“股權轉讓書據”交納印花稅。2007年5月30日，該稅率已經由1‰調整為3‰.《財政部、國家稅務總局關于調整證券(股票)交易印花稅稅率的通知(財稅〔2007〕84號)規定，經國務院批準，從2007年5月30日起，調整證券(股票)交易印花稅稅率。對買賣、繼承、贈與所書立的A股、B股股權轉讓書據，由立據雙方當事人分別按3‰的稅率繳納證券(股票)交易印花稅。這里的證券交易印花稅是從普通印花稅發展而來的，是專門針對股票交易發生額征收的一種稅，是投資者從事證券買賣所強制繳納的一筆費用。證券交易印花稅的征稅對象是企業股權轉讓書據和股份轉讓書據，納稅義務人是股份轉讓雙方，并由證券交易所代扣代繳。計稅依據是雙方持有的成交過戶交割單。

外商投資者境內企業股權境外交易也應繳納印花稅。

根據財稅【1988】255號、國稅發【1991】155號文件規定，在中華人民共和國境內書立、領受本條例所列舉憑證的單位和個人（包括……外國公司企業和其他經濟組織及其在華機構等單位和個人），都是印花稅的納稅義務人。上述憑證無論在中國境內或者境外書立，均應依照條例規定貼花。印花稅暫行條例列舉征稅的合同在國外簽訂時，不便按規定貼花時，應在帶入境內時辦理貼花完稅手續。

并且外商投資者境外交易股權只是在境外付款，必須在境內辦理審批和變更登記手續。所以該股權轉讓協議應該在帶入境內時按規定的稅率貼花。